Ražots no 2000. līdz 2003. gadam, simbolizēja ievērojamu atjauninājumu BMW E39 paaudzē, izpildpiederumu sedana klāstā. Šis restilings ieviesa nelielas ārējas uzlabojumus, ieskaitot pārstrādātas gaismas, aizmugurējos lukturus un buferus, piešķirot E39 atsvaidzinātu un mūsdienīgu izskatu. Iekšpusē kabīne tika atjaunināta ar jauniem materiāliem un tehnoloģijām, piedāvājot uzlabotu komfortu un ērtības funkcijas. Lai gan tas nav ieviesis revolucionāras inovācijas, E39 Facelift saglabāja BMW reputāciju inženierijas izcilības un vadības dinamikas jomā. Tas turpināja piedāvāt dažādus jaudīgu dzinēju variantus un uzlabotas tehnoloģijas, nodrošinot izsmalcinātu un baudāmu braukšanas pieredzi. Neskatoties uz konkurenci izpildpiederumu sedanu segmentā, E39 Facelift palika populāra izvēle starp vadītājiem pateicoties tās veiktspējas, luksusa un laika gaitā nenovecojošā dizaina sajaukumam.